继2001年入选中国期刊方阵双百期刊、2002年起被Ei Compendex等国际重要数据库收录、2004年获全国高校优秀科技期刊一等奖、2005年获第三届国家期刊奖百种重点期刊奖之后，《东南大学学报(自然科学版)》再传佳音，在2006年11月教育部科技司组织开展的“首届中国高校精品•优秀•特色科技期刊”评比活动中，从全国高校参评的1000余种科技期刊中脱颖而出，荣获首届中国高校精品科技期刊奖。这次评比活动由教育部科技司委托中国高等学校自然科学学报研究会制定评比方案并具体组织实施，学术质量占80分，编辑出版质量占20分。其中学术质量的评价指标为：总被引频次、相对影响因子、他引总引比、被国内外重要检索系统收录情况、基金论文比、平均引文数、市场占有情况(包括论文下载率和期刊发行量)。本次评比活动共评选出精品科技期刊52种，优秀科技期刊98种，特色科技期刊100种。毛善锋主编荣获教育部科技司授予的2006年“高校科技期刊优秀编辑工作者”称号。
《东南大学学报(自然科学版)》